2023年6月5日月曜日

ハプログループC2 (Y染色体) - Wikipedia

ハプログループC2 (Y染色体) - Wikipedia

https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8F%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%83%BC%E3%83%97C2_(Y%E6%9F%93%E8%89%B2%E4%BD%93)

ハプログループC2 (Y染色体)

ハプログループ C2 (Y染色体)
ハプログループC2の分布図
推定発生時期 50,865 [95% CI 49,191 <-> 52,699]年前[1]
推定発生地 中央アジアまたはシベリアまたは東アジア北部（アルタイ山脈〜モンゴル高原付近）
現存下位系統の
分岐開始年代		 35,383 [95% CI 33,305 <-> 37,537]年前[1]
親系統 C
子系統 C2a-L1373, C2b-F1067
定義づけられる変異 M217, P44, PK2
高頻度民族・地域 北東アジア、中央アジア(カザフスタン)、北アメリカ北西部。
カザフ人、モンゴル系民族、ツングース系民族、古アジア系民族、ナデネ系民族に高頻度。

ハプログループC-M217 (Y染色体)（ハプログループC-M217 Yせんしょくたい、英: Haplogroup C-M217 (Y-DNA)）、系統名称ハプログループC2とは分子人類学において人類の父系を示すY染色体ハプログループ（型集団）の分類で、ハプログループCの下位枝に属し、「M217, P44, PK2」によって定義されるグループである。かつてはハプログループC3と呼ばれていた。 約50,865年前[1]にC1-F3393/Z1426と共通の祖先から派生して、現存の全てのC-M217の最も近い共通祖先は約35,383年前[1]にユーラシア大陸北東部で生まれたと考えられる。民族の総人口に占める割合としては、ユーラシアではツングース系民族、モンゴル系民族、カザフ、ハザーラ、コリャーク、イテリメン、ユカギール、ニヴフに多く見られ、アメリカ大陸ではナデネ語族話者に比較的多く見られる。

日本に於けるC2-M217の分布の地域差がかなり大きく、少ない所では全く観察されないサンプル（例えば東京52人中0人[2]、沖縄県立八重山高等学校及び沖縄県立八重山商工高等学校の男子生徒49人中0人[3]、沖縄45人中0人[4]、青森26人中0人[4]）もあれば、多い所では7.8%ほど観察されるサンプルもある（佐賀県立致遠館高等学校の男子生徒129人中10人[3]、福岡市の成人男性102人中8人[5]）。[4][6][7] サンプル数が少ないが、日本国内に於いて一番高い比率でC-M217に属すY-DNAが検出されているのはアイヌのサンプルである（16人中2人 = 12.5%[8]、4人中1人 = 25%[4])。

各民族の頻度

ハプログループCの拡散経路

下位区分

（系統樹、系統名称はY-DNA Haplogroup C and its Subclades - 2019による。）

言語・民族との関連

ハプログループC2はアルタイ諸語と古アジア諸語、ナデネ語族話者に高頻度である。デネ（ナデネ語族話者）に多いのはC-P39であるが、ハプログループQ (Y染色体)がそれ以上に高頻度であり、デネ・エニセイ語族仮説があることから、言語系統を反映しているのはケット人にも高頻度のハプログループQと考えられる。いっぽう古アジア諸語の担い手はC-M48であり、その下位系統の一部がアルタイ諸語と強い相関を示すことから、アルタイ諸語の基層にはニブフ語のような古アジア諸語が想定できるかもしれない。

なおアルタイ系民族（チュルク系民族、モンゴル系民族、ツングース系民族）で高頻度なC2の多くはC-M48やC-P39を含むC-L1373系統であるが、逆に朝鮮民族や漢民族、日本人など東アジアの民族ではC-F1067系統が大半で、C-L1373はわずかである[27]。しかし、バイカル湖周辺のブリヤート共和国に居住するブリヤート、ソヨト、ハムニガン（エヴェンキ）諸先住民族及びカザフのコンギラト部（コヌラト部）に多いC-M407は東アジアに多いC-F1067系統に属している。[33][34] C-L1373とC-F1067はおおよそ34,400年[31]もしくは35,383 [95% CI 33,305 <-> 37,537]年[1]前に男系直系祖先の血筋が分かれたと推定されている。なお、朝鮮語の担い手としてC-F1067系統が想定できるかもしれない。

世界諸民族に於ける遺伝子の分布を比較する分子集団遺伝学的研究などによく利用される1000人ゲノムプロジェクトの日本人サンプル（JPT, "Japanese in Tokyo, Japan"）56人のうち、2人がC-M217に属しているという結果が2016年の論文で報告されている。[7] さらに、2人がC-F1067のサブクレードに当たるC-F3850とC-F5477/SK1036(xC-F13762)にそれぞれ分類されている。[31]

Sun et al (2020) は、北アメリカ先住民にも見られるC2a-L1373が最終氷期後の17,700-14,300年前に拡散を開始したと算出しており、アメリカ先住民が25,000年前にベーリンジアにいた集団に由来するとする説に異論を唱えている[35]。

関連項目

ヒトのY染色体ハプログループの系統樹
Y染色体アダム (Y-MRCA)
A0 A1
A1a A1b
A1b1 BT
B CT
DE CF
D E C F
G H IJK
IJ K
I J K1 K2
L T MS NO P K2*
N O Q R

脚注

  1. ^ a b c d e Monika Karmin, Lauri Saag, Mário Vicente, et al. (2015), "A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture." Genome Research 25:1–8. Published by Cold Spring Harbor Laboratory Press; ISSN 1088-9051/15; http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.186684.114.
  2. Sae Naitoh, Iku Kasahara-Nonaka, Kiyoshi Minaguchi, and Phrabhakaran Nambiar, "Assignment of Y-chromosomal SNPs found in Japanese population to Y-chromosomal haplogroup tree." Journal of Human Genetics (2013) 58, 195–201; doi:10.1038/jhg.2012.159; published online 7 February 2013.
  3. ^ a b 十塚正治, The Super Science High School Consortium，佐藤陽一，田中雅嗣, 「スーパーサイエンスハイスクール（SSH）コンソーシアムによる日本人の Y 染色体とミトコンドリア DNA ハプログループ地域分布調査」。Anthropological Science (Japanese Series) Vol. 124(2), 85–91, 2016. DOI: 10.1537/asj.161018
  4. ^ a b c d e f g h i Hammer MF, Karafet TM, Park H et al. (2006). "Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes". J. Hum. Genet. 51 (1): 47–58. ,doi:10.1007/s10038-005-0322-0. PMID 16328082.
  5. ^ a b YOUICHI SATO, TOSHIKATSU SHINKA, ASHRAF A. EWIS, AIKO YAMAUCHI, TERUAKI IWAMOTO, YUTAKA NAKAHORI Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese males. Anthropological Science. 2014 Volume 122, Issue 3, Pages 131-136, doi:10.1537/ase.140709
  6. ^ a b I. Nonaka, K. Minaguchi, and N. Takezaki, "Y-chromosomal Binary Haplogroups in the Japanese Population and their Relationship to 16 Y-STR Polymorphisms," Annals of Human Genetics (2007) 71,480–495. doi:10.1111/j.1469-1809.2006.00343.
  7. ^ a b c G. David Poznik, Yali Xue, Fernando L. Mendez, et al., "Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences." Nature Genetics (2016) ,doi:10.1038/ng.3559.
  8. ^ a b Atsushi Tajima, Masanori Hayami, Katsushi Tokunaga, Takeo Juji, Masafumi Matsuo, Sangkot Marzuki, Keiichi Omoto and Satoshi Horai, Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages, Journal of Human Genetics, Volume 49, Number 4 / April, 2004.
  9. ^ a b c d e f g h i j Xue Y, Zerjal T, Bao W et al. (April 2006). "Male demography in East Asia: a north-south contrast in human population expansion times". Genetics 172 (4): 2431–9. doi:10.1534/genetics.105.054270. PMC 1456369. PMID 16489223.
  10. ^ a b c d e f g h i j k Karafet T, Xu L, Du R et al. (September 2001). "Paternal population history of East Asia: sources, patterns, and microevolutionary processes". Am. J. Hum. Genet. 69 (3): 615–28. doi:10.1086/323299. PMC 1235490. PMID 11481588.
  11. ^ a b c d Pakendorf B, Novgorodov IN, Osakovskij VL, Stoneking M (July 2007). "Mating patterns amongst Siberian reindeer herders: inferences from mtDNA and Y-chromosomal analyses". Am. J. Phys. Anthropol. 133 (3): 1013–27. doi:10.1002/ajpa.20590. PMID 17492671.
  12. ^ a b Tatiana M. Karafet, Ludmila P. Osipova, Marina A. Gubina et al., High Levels of Y-Chromosome Differentiation among Native Siberian Populations and the Genetic Signature of a Boreal Hunter-Gatherer Way of Life, Human Biology, December 2002, v. 74, no. 6, pp. 761–789.
  13. E. V. Balanovska, Y. V. Bogunov, E. N. Kamenshikova, et al., "Demographic and Genetic Portraits of the Ulchi Population." ISSN 1022-7954, Russian Journal of Genetics, 2018, Vol. 54, No. 10, pp. 1245–1253. doi:10.1134/S1022795418100046
  14. ^ a b c Tajima, Atsushi; Hayami, Masanori; Tokunaga, Katsushi; Juji, T; Matsuo, M; Marzuki, S; Omoto, K; Horai, S (2004). "Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages". Journal of Human Genetics 49 (4): 187–193. doi:10.1007/s10038-004-0131-x. PMID 14997363.
  15. Wells, Spencer et al. 2001, The Eurasian Heartland: A continental perspective on Y-chromosome diversity
  16. ^ a b c d Zegura SL, Karafet TM, Zhivotovsky LA, Hammer MF (January 2004). "High-resolution SNPs and microsatellite haplotypes point to a single, recent entry of Native American Y chromosomes into the Americas". Mol. Biol. Evol. 21 (1): 164–75. doi:10.1093/molbev/msh009. PMID 14595095.
  17. Marc Haber, Daniel E. Platt, Maziar Ashrafian Bonab, Sonia. Afghanistan's Ethnic Groups Share a Y-Chromosomal Heritage Structured by Historical Events http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0034288
  18. Sengupta S, Zhivotovsky LA, King R et al. (February 2006). "Polarity and temporality of high-resolution y-chromosome distributions in India identify both indigenous and exogenous expansions and reveal minor genetic influence of Central Asian pastoralists". Am. J. Hum. Genet. 78 (2): 202–21. doi:10.1086/499411. PMC 1380230. PMID 16400607.
  19. ^ a b Hua Zhong, Hong Shi, Xue-Bin Qi, et al., "Global distribution of Y-chromosome haplogroup C reveals the prehistoric migration routes of African exodus and early settlement in East Asia." Journal of Human Genetics (2010) 55, 428–435; doi:10.1038/jhg.2010.40.
  20. Tatiana M. Karafet, Brian Hallmark, Murray P. Cox, Herawati Sudoyo, Sean Downey, J. Stephen Lansing, and Michael F. Hammer (2010), "Major East–West Division Underlies Y Chromosome Stratification across Indonesia." Molecular Biology and Evolution 27(8):1833–1844. doi:10.1093/molbev/msq063
  21. ^ a b Soon-Hee Kim, Ki-Cheol Kim, Dong-Jik Shin, Han-Jun Jin, Kyoung-Don Kwak, Myun-Soo Han, Joon-Myong Song, Won Kim, and Wook Kim (2011), "High frequencies of Y-chromosome haplogroup O2b-SRY465 lineages in Korea: a genetic perspective on the peopling of Korea." Investigative Genetics 2011, 2:10. http://www.investigativegenetics.com/content/2/1/10
  22. ^ a b c Sanghamitra Sengupta, Lev A. Zhivotovsky, Roy King, S.Q. Mehdi, Christopher A. Edmonds, Cheryl-Emiliane T. Chow, Alice A. Lin, Mitashree Mitra, Samir K. Sil, A. Ramesh, M.V. Usha Rani, Chitra M. Thakur, L. Luca Cavalli-Sforza, Partha P. Majumder, and Peter A. Underhill, Polarity and Temporality of High-Resolution Y-Chromosome Distributions in India Identify Both Indigenous and Exogenous Expansions and Reveal Minor Genetic Influence of Central Asian Pastoralists, The American Journal of Human Genetics, Volume 78, Issue 2, 202-221, 1 February 2006.
  23. Wells RS, Yuldasheva N, Ruzibakiev R, et al. (August 2001). "The Eurasian heartland: a continental perspective on Y-chromosome diversity". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (18): 10244–9. doi:10.1073/pnas.171305098. PMC 56946. PMID 11526236.none 
  24. ^ Zegura SL, Karafet TM, Zhivotovsky LA, Hammer MF (January 2004). "High-resolution SNPs and microsatellite haplotypes point to a single, recent entry of Native American Y chromosomes into the Americas". Mol. Biol. Evol. 21 (1): 164–75. doi:10.1093/molbev/msh009. PMID 14595095. http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=14595095. 
  25. ^ Pakendorf B, Novgorodov IN, Osakovskij VL, Danilova AP, Protod'jakonov AP, Stoneking M (October 2006). "Investigating the effects of prehistoric migrations in Siberia: genetic variation and the origins of Yakuts". Hum. Genet. 120 (3): 334–53. doi:10.1007/s00439-006-0213-2. PMID 16845541. 
  26. ^ Khar'kov VN, Stepanov VA, Medvedev OF, et al. (2008). "[The origin of Yakuts: analysis of Y-chromosome haplotypes]" (Russian). Mol. Biol. (Mosk.) 42 (2): 226–37. PMID 18610830. 
  27. ^ a b c d So Yeun Kwon, Hwan Young Lee, Eun Young Lee, Woo Ick Yang, and Kyoung-Jin Shin, "Confirmation of Y haplogroup tree topologies with newly suggested Y-SNPs for the C2, O2b and O3a subhaplogroups." Forensic Science International: Genetics 19 (2015) 42–46. doi:10.1016/j.fsigen.2015.06.003
  28. ^ a b c d e f 23mofangによるC-M217の系統樹
  29. ^ Park, Jin; Lee, Young; Kim, Young; -1#Myung, Hwan Na et al. (2013). "Y-SNP miniplexes for East Asian Y-chromosomal haplogroup determination in degraded DNA". Forensic Science International: Genetics 7: 75–81. doi:10.1016/j.fsigen.2012.06.014. 
  30. ^ Zhong, Hua; Shi, Hong; Xue-, XB; Qi, Bin; Jin, L; Ma, RZ; Su, B (2010). "Global distribution of Y-chromosome haplogroup C reveals the prehistoric migration routes of African exodus and early settlement in East Asia". Journal of Human Genetics 55 (7): 428–35. doi:10.1038/jhg.2010.40. PMID 20448651. 
  31. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z aa ab ac ad ae af ag ah ai aj ak al am an YFull Haplogroup C-M217 YTree v5.07 at 05 November 2017
  32. ^ Underhill PA, Shen P, Lin AA, et al. (November 2000). "Y chromosome sequence variation and the history of human populations". Nat. Genet. 26 (3): 358–61. doi:10.1038/81685. PMID 11062480. 
  33. ^ Boris Malyarchuk, Miroslava Derenko, Galina Denisova, Marcin Wozniak, Tomasz Grzybowski, Irina Dambueva, and Ilia Zakharov, "Phylogeography of the Y-chromosome haplogroup C in northern Eurasia." Annals of Human Genetics (2010) 74, 539–546. doi: 10.1111/j.1469-1809.2010.00601.x
  34. ^ Yan S, Wang C-C, Zheng H-X, Wang W, Qin Z-D, et al. (2014) "Y Chromosomes of 40% Chinese Descend from Three Neolithic Super-Grandfathers." PLoS ONE 9(8): e105691. doi:10.1371/journal.pone.0105691
  35. ^ Jin Sun, Peng-Cheng Ma, Hui-Zhen Cheng, Chi-Zao Wang, Yong-Lan Li, Yin-Qiu Cui, Hong-Bin Yao, Shao-Qing Wen, Lan-Hai Wei (2020) Post-last glacial maximum expansion of Y-chromosome haplogroup C2a-L1373 in northern Asia and its implications for the origin of Native Americans American Journal of Physical Anthropology 174(2) 363-374
  36. ^ 崎谷満『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史』 勉誠出版 2009年 ISBN 978-4585053941
時刻:

0 件のコメント:

コメントを投稿

登録: コメントの投稿 (Atom)